gemi: Genomik zum Mitmachen

Autoren

Beatriz Vieira Mourato und Bernhard Haubold

Beschreibung

Genomik zum Mitmachen ist ein einstündiges Tutoriat zum Einstieg in die Genomik. Darin zeigen wir, wie man mit der Unix Befehlszeile arbeitet und Gene darstellt.

Abhängigkeiten

Wir brauchen

• Neighbors
• datasets
• biobox
• latex

Wer auf einem Ubuntu-System arbeitet, kann das System einrichten mit dem Befehl

bash skripte/einrichten.sh

Anschließend muss die Umgebung eventuell neu gestartet werden.

source ~/.profile

Wenn alles stimmt, sollte der Befehl listNeiDbs eine Liste von Datenbanken ausgeben.

Starten

Sobald dein System eingerichtet ist, kannst du im Verzeichnis gemi eingeben

make

Jetzt kannst du in das Verzeichnis spielplatz wechseln

cd spielplatz

und dort mit Genomik zum Mitmachen loslegen.

Testen

Wir haben einrichten.sh und gemi getestet auf unserer "minimalen unix box", mix.